ساختار کلی مدرسه حقانی با مدارس حوزوی آن زمان در قم تفاوت بسیار داشت. طبق اساسنامهای که شهید بهشتی تنظیم کرده بود، مدت تحصیل در مدرسه هجده سال در چهار دوره بود.
مولانا سمیع الحق که روز گذشته کشته شد، اداره کننده و مدیر مدرسه حقانیه و پدر معنوی طالبان بوده است.