مدارس شاهد، هر ساله در مقاطع مختلفی، دانش آموز می پذیرند. دانش آموزان برای ثبت نام در این مدارس باید شرایطی را دارا باشند. علاوه بر این، باید مبلغی را نیز برای فعالیت های فوق برنامه، کلاس های جبرانی، کلاس های تقویتی و ... پرداخت نمایند.
بر اساس برنامه زمانبندی ثبتنام دانش آموزان در مدارس شاهد، مهلت ثبت نام متقاضیان در پایه اول دوره ابتدایی که از چهارم خرداد شروع شده بود، فردا جمعه (هفدهم خردادماه) به پایان میرسد.
ثبتنام دانشآموزان پایه اول دبستان مدارس شاهد آغاز شده و تا ۱۷ خرداد ادامه دارد، شرایط ثبتنام دانشآموزان شاهد و غیرشاهد و ملاکهای علمی برای حضور در این مدارس اعلام شده است.
شیوهنامه ثبتنام مدارس شاهد در سال تحصیلی ۱۳۹۹- ۱۳۹۸ در نخستین جلسه ستاد مرکزی شاهد و ایثارگر وزارت آموزش و پرورش سال جاری تصویب شد.
دستورالعمل ثبتنام دانشآموزان برای سال تحصیلی ۹۶-۹۷ ابلاغ شد و براین اساس ضوابط ثبتنام در انواع مدارس اعلام شده است.