صیاد شیرازی پس از ریاستجمهوری شهید رجایی به ارتش بازگشت و دو درجه از دست رفته خود را پس گرفت. پس از شهادت تیمسار فلاحی، او در مهر ۱۳۶۰ به عنوان فرمانده نیروی زمینی منصوب شد. حضور در این منصب باعث شد که او همکاری بیشتری با سپاه به عنوان یکی از نیروهای اصلی جنگ داشته باشد. عملیاتهای مشترک زیادی با مشارکت میان سپاه و نیروی زمینی انجام میشد. اما این همکاری خالی از اختلاف نبود.